Natura e pe moarte, Gaya s-a autodistrus si modulele ei sunt imprastiate, Alloy incearca sa gaseasca un backup al Gaya pentru a reporni efortul de terraformare oprit in primul joc.
Se intorc si Zeniths din Sirius, urmariti de o entitate - Nemesis - pe care au creat-o si care e pissed pe ei asa ca incearca sa-i extermine.
Zenit si ei incearca sa gaseasca Gaya dar cu alt scop: sa se care pe alta planeta de care Nemesis sa nu stie si lase Earth ca victima. Au cu ei o clona a lui Elisabeth/Alloy.
Sylens stie ca Zenith sunt in zona si incearca sa creeze o armata si o arma care sa-i neutralizeze/opreasca si sa le ocupe nava spatiala.

Alloy gaseste un backup al Gaya si incearca sa gaseasca si modulele importante care ar ajuta la teraformare. In proces Zeniths captureaza Gaya si celelalte module cand Alloy incearca sa captureze unul dintre module (Hephaistos).

Unul dintre Zeniths (Tilda) are alte planuri si incearca sa o convinga pe Alloy sa paraseasca impreuna planeta - o ajuta initial sa scape de la capturarea de catre Zeniths.

Zeniths se pregatesc sa se care dar Alloy+ aliatii ei ii opresc/omoara. Alloy + aliatii se decid sa ramana pe planeta si sa infrunte Nemesis in partea a 3-a.